W ramach przeprowadzonej oceny, Najwyższa Izba Kontroli (NIK) stwierdziła, że Ministerstwo Finansów nie wykonuje właściwie swoich obowiązków w zakresie reorganizacji sektora informatycznego. Ponadto zauważono, że ministerstwo nie wykonywało należycie nadzoru nad Aplikacjami Krytycznymi, czyli systemami informatycznymi kluczowymi dla funkcjonowania instytucji. Tę opinię kontrolerzy NIK przedstawili w dzienniku „Puls Biznesu”.
Wyliczone przez NIK nieprawidłowości zostały opublikowane w połowie 2023 roku, po przeprowadzeniu kontroli w Ministerstwie Finansów i jego podmiotach zależnych – spółce Aplikacje Krytyczne oraz Centrum Informatyki Resortu Finansów (CIRF), które podlega ministerstwu.
W artykule „Puls Biznesu” informacje o wynikach kontroli są następujące: działania Ministerstwa Finansów związane z zapewnieniem usług informatycznych na rzecz resortu finansów były negatywnie oceniane przez NIK w latach 2017-2023. Kontrolerzy zwrócili uwagę, że zadania związane m.in. z rozwojem i utrzymaniem oprogramowania, a także udzielaniem zamówień z obszaru informatyki były niewłaściwie rozproszone i realizowane przez różne jednostki Ministerstwa Finansów, CIRF i spółkę Aplikacje Krytyczne, która powstała w roku 2016.
W artykule „Puls Biznesu” podkreślono również, że w okresie od 2017 do 2023 roku, spółka Aplikacje Krytyczne nie wystawiła ani jednej faktury za świadczone usługi na rzecz ministra, pomimo że realizowała zlecenia na tworzenie oprogramowania. Taka sytuacja jest sprzeczna z umową zawartą z ministrem i ustawą o spółce celowej. NIK stwierdziła, że minister przez te sześć lat nie nadzorował właściwie spółki i nie doprowadził do prawidłowych rozliczeń finansowych.