Jest możliwe, że Ministerstwo Klimatu i Środowiska (MKiŚ) przejmie kierowanie działem gospodarki wodnej w ramach PGW Wody Polskie, które jest kluczowe dla inwestycji związanych z ochroną polskiej przyrody. Obecnie zarządzanie tym sektorem leży w gestii Ministerstwa Infrastruktury (MI), ale pojawiają się głosy, że powinno wrócić pod opiekę MKiŚ.
Początkowo, odpowiedzialność za PGW Wody Polskie, które zajmuje się m.in. realizacją praw właścicielskich w odniesieniu do wód, naliczaniem i pobieraniem opłat za usługi wodne oraz wydawaniem zgód wodnoprawnych, należała do Ministerstwa Środowiska. W 2018 roku przekazano je pod skrzydła Ministerstwa Gospodarki Morskiej i Żeglugi Śródlądowej. Po rekonstrukcji rządu Mateusza Morawieckiego jesienią 2020 roku, dział gospodarki wodnej został przeniesiony do Ministerstwa Infrastruktury.
Mimo postulatów wynikłych podczas ostatniej kampanii wyborczej o powrót gospodarki wodnej do MKiŚ, nie doszło do tego. Zgodnie z grudniowym rozporządzeniem Donalda Tuska, nadzór nad tym sektorem pozostał w rękach MI. Inne źródła informują jednak, że MKiŚ dąży do przejęcia kontroli nad gospodarką wodną. PGW Wody Polskie zatrudnia ponad 6,6 tys. osób i na 2024 rok zaplanowano wydatki na działalność tej jednostki w wysokości ponad 1,4 mld zł.
Posłanka KO Małgorzata Tracz ostatnio wskazywała na potrzebę przeniesienia zarządzania wodami z MI do MKiŚ. Natomiast Przemysław Koperski, wiceminister infrastruktury, odnosi się do tej kwestii ze szczególną ostrożnością, ponieważ uważa ją za „dosyć wrażliwą”.
Według dr inż. Ilony Biedroń, prezeski Fundacji Zdrowa Rzeka, już w 2018 roku organizacje pozarządowe i eksperci protestowali przeciwko odebraniu Ministerstwu Środowiska kompetencji dotyczących polityki wodnej. W opinii ekspertki, zarządzanie zasobami naturalnymi powinno polegać na ochronie i odtwarzaniu mokradeł.
Jednym z elementów zagrożeń dla gospodarki wodnej jest brak konsensusu w kwestii odpowiedzialności za tę politykę, co prowadzi do niepewności co do przyszłości inwestycji. Przykładem może być kontrowersyjny projekt stopnia wodnego w Siarzewie, który jest wart 7,5 mld zł. Podczas gdy posłanka PiS Anna Gembicka uważa go za kluczowy dla bezpieczeństwa przeciwpowodziowego, środowiska ekologiczne i eksperckie wielokrotnie apelowały o rezygnację z tego projektu.
W świetle rosnących problemów wynikających z braku rzetelnych danych na temat stanu rzek, Ilona Biedroń twierdzi, że decyzje dotyczące ingerencji w rzeki powinny opierać się na solidnych analizach i wiarygodnych informacjach.